Em 1944, o Andaraí disputou novamente o Campeonato de Amadores da Segunda Categoria, ficando na sexta colocação final, juntamente com o Campo Grande. O seu mando de campo ocorreu no estádio da Rua General Silva Teles, pertencente ao Confiança. O Manufatura conquistou o bicampeonato, enquanto o Oposição foi novamente vice. Nos juvenis, o Andaraí alcançou a sétima posição em certame vencido novamente pelo Ríver. Participaram Manufatura, Mavílis, Ideal, Confiança, Ruy Barbosa, Ríver, Irajá, Campo Grande, Andaraí e Oposição.

Partidas:

Primeiro turno: 2/04 – 3 a 4 Ríver (C); 9/04 – 2 a 4 Ideal (F); 16/04 – 2 a 3 Manufatura (F); 14/05 – 1 a 3 Mavílis (F); 21/05 – 3 a 4 Irajá (C); 28/05 – 2 a 6 Oposição (F); 4/06 – 2 a 0 Ruy Barbosa (C); 11/06 – 1 a 5 Campo Grande (F); 25/06 – 3 a 4 Confiança (C). Segundo turno: 10/07 – 3 a 4 Ríver (F); 17/07 – 4 a 2 Ideal (C); 24/07 – 1 a 2 Manufatura (C); 6/08 – 1 a 3 Mavílis (C); 13/08 – 3 a 4 Irajá (F); 20/08 – 5 a 2 Oposição (C); 27/08 – 1 a 3 Ruy Barbosa (F); 3/09 – 2 a 0 Campo Grande (C); 17/09 – 2 a 3 Confiança (F).

Classificação da Segunda Categoria de Amadores:

1º Manufatura (campeão) –31;
2º Oposição (vice-campeão) e Ruy Barbosa – 23;
4º Irajá e Mavílis – 20;
6º Confiança – 18;
7º Ideal – 16;
8º Campo Grande e Andaraí – 13;
10º Ríver – 11.

Em 1945, três clubes da Segunda Categoria de Amadores pleitearam presença na divisão acima, denominada Primeira Categoria (Reservas). O bicampeão Manufatura, além de Andaraí e Confiança. Vale frisar que o time de Silva Teles se credenciava a uma das vagas por dispor de uma bem aparelhada praça de esportes. Já o Andaraí não mais possuía nenhuma eficiência material, mas se valia da tradição e da experiência como participante em várias entidades. Dos três, foram escolhidos Manufatura, Andaraí e, mais o Olaria, em assembléia realizada pela Federação Metropolitana de Futebol (FMF), presidida por Manuel do Nascimento Vargas Netto. O Andaraí escolheu o campo do America, em Campos Sales, para mando de seus jogos. Na categoria Reservas, o Grêmio Alviverde foi o último colocado com apenas 5 pontos. Na categoria Aspirantes o clube também ficou na lanterna com 6 pontos, enquanto nos juvenis ficou com 8, também na derradeira posição.

Partidas:

Primeiro turno: 7/07 – 1 a 9 America (F); 14/07 – 5 a 3 Bangu (C); 21/07 – 1 a 9 Vasco (F); 28/07 – 0 a 5 Flamengo (C); 6/08 – 1 a 5 São Cristóvão (C); 16/08 – 3 a 5 Madureira (C);19/08 – 3 a 7 Fluminense (F); 26/08 – 1 a 2 Bonsucesso (C); 2/09 – 1 a 6 Botafogo (F); 9/09 – 1 a 4 Manufatura (C); 16/09 – 2 a 1 Olaria (C); Segundo turno: 29/09 – 3 a 7 Bangu (F); 7/10 – 0 a 6 Vasco (C); 13/10 – 0 a 4 Fluminense (F); 28/10 – 1 a 2 Bonsucesso (F); 3/11 – 0 a 4 Madureira (F); 10/11 – 1 a 9 Flamengo (F); 18/11 – 2 a 2 America (C). 21/11 – São Cristóvão (resultado desconhecido); 28/11 – Manufatura (resultado desconhecido); 1/12 – 0 a 7 Botafogo (C).

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Classificação da Primeira Categoria de Amadores (Reservas):

1º Botafogo (campeão) – 40;
2º Vasco (vice-campeão) – 37;
3º Fluminense e Madureira – 29;
5º Flamengo – 26;
6º America – 23;
7º Manufatura – 22;
8º Olaria – 18;
9º Bonsucesso – 15;
10º São Cristóvão – 12;
11º Bangu – 8;
12º Andaraí – 5.

Em 1946, após reuniões realizadas nas sedes do Fluminense e do Botafogo, ficou estabelecida uma nova estruturação nas divisões
secundárias que veio a prejudicar imensamente os pequenos clubes. A decisão homologada visaria criar uma divisão secundária de profissionais com a participação mínima de 6 clubes, ficando o vencedor habilitado a disputar com o último colocado da divisão principal o direito de acesso.

Tudo estaria certo se não fosse o desinteresse dos grêmios suburbanos em organizar representações profissionais. O Manufatura e o Confiança não pretendiam se profissionalizar. O mesmo valia para a Portuguesa naquele momento. Já o Andaraí, antigo companheiro de lutas das agremiações maiores, se via relegado ao mais injusto e completo abandono.

Em via, portanto, de mais essa tentativa de elitização do futebol carioca, tanto Andaraí quanto Manufatura foram sumariamente remanejados para a Segunda Categoria.

Novamente o Andaraí, em franca decadência, promoveu péssima campanha, ficando na lanterna da competição, dividida em duas chaves: Zona Sul, vencida pelo Confiança, e Zona Norte, cujo campeão foi o Manufatura. Na melhor de três, decisiva pelo título, os industriários levaram a melhor, vencendo o primeiro e o terceiro jogo, o Confiança ganhou o segundo. Sagrou-se então o Manufatura, mais uma vez, vencedor do Campeonato da Primeira Divisão de Amadores, Segunda Categoria.

Para piorar a situação, o Andaraí, por ter sido o lanterna da competição, se
viu obrigado a disputar duas repescagens para não ser rebaixado.

A primeira contra o Anchieta, lanterna da chave Zona Norte. Na melhor de três jogos, o Andaraí venceu o primeiro jogo por 2 a 1, perdeu por 3 a 1 o segundo e capitulou por 6 a 2 no terceiro. Sendo então o último colocado geral teve de enfrentar em nova repescagem o Valim, de Todos os Santos, campeão da Terceira Categoria. E na melhor de três, o Grêmio Alviverde levaria a pior. No primeiro jogo o Andaraí sofreu humilhante escore de 7 a

1. No segundo, o Andaraí bateu seu adversário por 7 a 3. No decisivo prélio, levou a melhor o Valim com um empate em 1 a 1. O Andaraí estava, assim, irremediavelmente rebaixado para a Terceira Categoria de Amadores. Nos juvenis, ficou na penúltima posição, à frente apenas do lanterna Irajá.

O Cocotá foi o campeão e o Del Castilho, vice.

Partidas:

Primeiro turno: 2/06 – 1 a 8 Mavílis (F); 8/06 – 1 a 2 Confiança (F); 15/06 – 1 a 1 Irajá (C); 23/06 – 3 a 2 Cocotá (F); 30/06 – 1 a 3 Nova América (C); 7/07 – 1 a 3 Ruy Barbosa (F); 14/07 – 0 a 5 Ideal (C); 21/07 – 1 a 0 Del Castilho (C); Segundo turno: 10/08 – 1 a 3 Mavílis (C); 18/08 – 4 a 0 Confiança (C); 3/09 – 2 a 5 Irajá (F); 9/09 – 2 a 2 Cocotá (C);15/09 – Nova América (F)
resultado desconhecido; 29/09 – Del Castilho (F) resultado desconhecido; 6/10 – 1 a 1 Ideal (F); 13/10 – 0 a 0 Ruy Barbosa (C);

Repescagem com o último colocado da chave Zona Norte:

11/11 – 2 a 1 Anchieta; 18/11 – 1 a 3 Anchieta; 24/11 – 2 a 6 Anchieta.

Repescagem com o primeiro colocado da Terceira Categoria:

1/12 – 1 a 7 Valim; 8/12 – 7 a 3 Valim; 15/12 – 1 a 1 Valim.

Classificação da Primeira Divisão – Segunda Categoria de Amadores –
Zona Sul:

1º Confiança – 29;
2º Nova América – 25;
3º Mavílis – 17;
4 ºIdeal – 16;
5º Del Castilho, Ruy Barbosa e Cocotá – 13;
9º Irajá – 8;
10º Andaraí – 7.